Корзина (0)
В корзине пусто!
«Библиометрические инструменты в помощь исследователю». Gephi. Работа с графом – фильтры и настройки

«Библиометрические инструменты в помощь исследователю». Gephi. Работа с графом – фильтры и настройки

47
0
13 Ноября, 2018

В прошлом выпуске  мы загрузили в Gephi полученные ранее в VOSviewer файлы с узлами и ребрами (авторы и коллаборации). Получившийся файл проекта, с которым мы продолжим работать, доступен для скачивания тут (файл gephi_PNA.zip). 

В этой части мы познакомимся с несколькими полезными приемами работы в Gephiи сделаем последний шаг, чтобы избавиться от VOSviewer-зависимости.

Открывая скачанный файл for_blog.gephi, вы увидите следующую картину:

На вкладке Appearance установим следующие настройки:

1) Nodes> Цвет узла > Partition> cluster> Palette> Presets/Fancy (light background) > установить количество цветов по кол-ву кластеров (43) > Generate> ОК > Применить (см. иллюстрацию)

2) Nodes> Размер узла > Ranking> weight (documents) > размеры от 15 до 50

3) Edges> Цвет > Unique> Применить

Во вкладке ниже выбираем алгоритм укладки Fruchterman-Reingold и устанавливаем следующие параметры:

 

  • Область 2000 (рекомендуется из расчета 1000 на 100 узлов, у нас 264 узла)

  • Гравитация 15

  • Скорость 1

 

 

Используя выделенные желтым элементы управления, вы сможете добиться оптимального отображения графа в центре поля (кнопка T включает отображение надписей для узлов). Если вы не видите панель ниже (с вкладками Global, Ребра, Labels), нажмите неприметный значок справа. На вкладках Рёбра и Labels расположены дополнительные опции для настройки отображения.

Значок с фотоаппаратом (слева от T) позволяет сделать быстрый скриншот из окна Граф, но мы этим не ограничимся.

Открываем большую вкладку Просмотр (справа от Appearance и Рабочая область), нажимаем Обновить и проделываем следующие действия в соответствующих разделах:

 

Узлы:

  • Толщина обводки 0.2

  • Цвет обводки > ручная настройка > серый (5C5C5C)

 

Метки для узлов:

  • Отображать метки (включить)

  • Пропорциональный размер (отключить)

  • Шрифт (24 Arial)

Рёбра:

  • Толщина 4.0

  • Масштабировать вес (включить)

  • Min.rescaled weight 0.3

  • Max.rescaled weight 2

Если метки появляются позади узлов, то на вкладке Управление отрисовщиками следует поднять слой меток над узлами (нажатием стрелок).

Нажимаем Обновить и получаем следующий результат:

Улучшить граф можно, вернувшись на вкладку Appearance и 

 

а) подбираем более удачную укладку (например, Forse Atlas2) и её настройки (пример на иллюстрации ниже, блок А)

б) накладываем на основную укладку косметические эффекты (NoOverlap, Укладка меток, Расширение) – это лучше делать, установив минимальные показатели (блок Б)

Последовательности настроек А и Б позволили убрать «сжатие» периферийных кластеров, заметное на предыдущей картине (блок В).

Важно помнить, что в Gephi есть множество инструментов для ручной настройки графа – вершины можно сгруппировать, переместить или закрепить в определенной области экрана – перечисленные возможности позволяют преодолеть ограничения алгоритмов укладки. 

Фильтрация сети

Еще одно достоинство Gephi перед VOSviewer заключается в возможности фильтрации данных без повторной загрузки. В предыдущей части мы видели, как использовать регулярные выражения. В этот раз давайте сконструируем комбинированный запрос из двух фильтров.

Предположим, что нас заинтересовали коллаборации Nielsen P.E. (кластер 24) и Vialavan T. (кластер 7) и мы хотим взглянуть только на граф их коллабораций. Первым делом мы должны сконструировать запрос для фильтрации, он будет состоять из двух фильтров (см. А на иллюстрации): 

 

  • OR (из подгруппы «Операторы»)

  • Ego Network (из подгруппы «Топология»)

Перетаскиваем OR и под ним дважды размещаем Ego Network (см. Б на иллюстрации). Последний фильтрует все узлы и ребра, связанные с узлом, задаваемым через ID. Номер ID интересующих нас авторов (Nielsen P.E. и Vialavan T.) мы находим в Таблице данных – (4022 и 5809). Вносим эти значения по одному в фильтры, нажимаем Применить и видим результат (см. В на иллюстрации).

Выбранные узлы можно не только удалить, закрепить и перенести в отдельный рабочий файл (см. кнопки в меню Фильтры), но также заново перекрасить граф.

Вариант А: повторная кластеризация через расчет модулярности (modularity)

Поскольку отчетливо видны 3 группы, вычислим модулярность и сделаем повторное разбиение.

  • Вкладка Статистики > Modularity (используем значения по умолчанию)

  • Nodes> Цвет узла > Partition> Modularity Class> Palette (выбрать подходящую палитру) > Применить

 

 

Вариант Б: привяжем цвет к среднему значению года публикации для автора.

  • Nodes> Цвет узла > Ranking> score<avg.pub.year> (кнопка для выбора цветовой гаммы, обведенная красным).  

 

Подведем краткие итоги. Мы научились настраивать изображение и укладку графа, делать фильтрацию и работать с отдельными фрагментами. Самое время вспомнить, что мы всё еще работаем с файлами, полученными в VOSviewer, поэтому в следующий раз мы научимся загружать в Gephi данные в более привычных форматах (например, в виде выгрузки из БД Scopus).

47
0
13 Ноября, 2018
Ваш комментарий будет первым

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, пользовательских данных (сведения о местоположении; тип и версия ОС; тип и версия Браузера; тип устройства и разрешение его экрана; источник откуда пришел на сайт пользователь; с какого сайта или по какой рекламе; язык ОС и Браузера; какие страницы открывает и на какие кнопки нажимает пользователь; ip-адрес) в целях функционирования сайта, проведения ретаргетинга и проведения статистических исследований и обзоров. Если вы не хотите, чтобы ваши данные обрабатывались, покиньте сайт.

x